Прошло несколько недель после событий финала мультсериала «Бен 10: Инопланетная сила», в котором Вилгакс сдался. Бену Теннисону исполнилось 16 лет. Омнитрикс был разрушен и теперь ему нужно осваивать секреты Ультиматрикса — новая версия Омнитрикса, которая даёт доступ ко всем прошлым формам и способностям, а также позволяет ему развивать более сильные и мощные их версии, так называемые Совершенные Формы (Ультимейт).

На Башню Титанов напал загадочный гость из далёкой Японии. И Титаны отправляются туда, чтобы выяснить причину, такого странного поступка. Во время своих приключений в столице Японии, Токио, юные Титаны выясняют истину и добиваются справедливости. Ну а как может быть иначе?

Злобные Десептиконы появились в Детройте. С помощью Великой Искры Мегатрон может обратить всех роботов Земли в Десептиконов. Но на Землю также прибывают и Оптимус Прайм с Автоботами, они планируют остановить Мегатрона и помешать его коварным планам.