Однажды иммигрант из Японии Хамато Йоши купил себе домашних питомцев - четырех черепашек. Но под воздействием мутагена Йоши превратился в полукрысу-получеловека Сплинтера, а черепашки выросли до огромных размеров и обрели человеческие черты и качества. Под землей, в трубах коллектора, Сплинтер вырастил их как собственных сыновей, обучив дисциплине, философии и боевым искусствам - всему тому, что поможет выжить. И вот, пятнадцать лет спустя, Черепашки-ниндзя готовы бросить вызов улицам

Команда юных инопланетян крадёт космический корабль и начинает исследовать на нём галактику.

Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело являются четырьмя черепахами-мутантами. Они отправляются на поиски приключений, где начинают использовать мистические силы ниндзя, которых они никогда не знали, учиться работать вместе и ориентироваться в опасности современной эпохи, чтобы стать командой героев.