Приключение перерастает в сражение: на сцену выходит Мьюту - покемон, созданный био-инженерией из ДНК Мью, редчайшего из всех покемонов. Стремясь доказать свое могущество, Мьюту заманивает Эша, Пикачу и остальных на невиданный в истории матч покемонов. Мьюту против Мью. Супер-клоны против покемонов. Это - решающее сражение, и от его исхода зависит судьба мира!

Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.

Древние предсказания сбываются, когда покемоны Артикуно, Запдос и Молтрес потревожены после веков гармонии. Нарушен баланс природных сил, жизнь на Земле зависит от того, смогут ли мифический покемон Луджия и таинственный «избранный» объединить свои усилия, как это предсказано в легенде. Сможет ли Эш Кетчам набраться смелости и спасти положение?

Пять лет назад на Пике Когтя случился несчастный случай. Маг Азари использовала магический меч Балтандеров, но не смогла контролировать его мощь и была превращена в дракона, названного Кровавым Августом. Кириданшера, молодой маг в Пике, заботящийся об Азари, узнает, что старейшины Пика намерены расправиться с Азари, чтобы слухи об этом несчастном случае не распространились. Возмущенный этим, Кириданшера клянется найти способ вернуть Азари его прежнюю форму. Он провозглашает себя Орфеном, уходит