Планета R - замечательное место, которое поддерживается 4 магическими кристалами, каждый из которых является определённым элементом: земля, огонь, вода и ветер. Очень давно, зловещие темные силы украли кристаллы и попытались уничтожить всю планету...

Действие мультфильма происходит в XXVI веке, когда страшный вирус уничтожил 99% населения Земли. На планете остались всего два государства — анархистская Моника и тоталитарная Бренна, которой правит ученый-диктатор Тревор Гудчайлд. Женщина-суперагент из Моники по имени Эон Флакс пытается убить Гудчайлда.

Устроенная правительствами ведущих держав торговая блокада государства роботов становится предвестником будущего вооружённого столкновения и последней в истории войны, знаменующей конец человеческой и воцарение на планете машинной цивилизации.